我国医疗损害的鉴定在过去相当一段时间内是处于由“双轨制”鉴定构成的“二元化”模式。首先表现在医疗损害鉴定的“双轨制”。一种方式是医学会设立的医疗事故技术鉴定委员会专家组进行的医疗事故技术鉴定和医疗损害责任鉴定，本质上属于行政鉴定范畴；另一种方式是由司法鉴定机构进行的医疗损害的司法鉴定。医疗损害司法鉴定一般由司法鉴定机构的执业鉴定人员主持鉴定，同时特邀或者聘请临床医学专家作为顾问或是会诊专家参与鉴定，属于司法鉴定范畴。其次是赔偿责任的“双轨制”：一是经医疗事故技术鉴定或医疗损害责任鉴定的，一般按照《医疗事故处理条例》规定划分赔偿责任及补偿标准，其补偿标准较低。二是经司法鉴定机构进行医疗损害司法鉴定的，原则上适用人身损害赔偿标准，其赔偿标准较高，而且二者相差明显。自2010年《侵权责任法》出台后已经明确规定统一适用人身损害赔偿的标准。但是，实际执行中变化不大，特别是医疗损害鉴定的“双轨制”仍然存在。

医疗损害的司法鉴定毕竟是一项为法律服务的特殊工作，主要是为医疗损害案件的调解、诉讼和审判提供科学依据，因而有其特殊的鉴定思维和鉴定方法。部分地区的医学会取得了司法鉴定资格进行医疗损害责任鉴定亦可归入司法鉴定范畴。

在医疗损害责任纠纷处理的实践中，医疗事故技术鉴定与医疗损害司法鉴定有着明显的区别。主要表现在：

1.鉴定目的不同

医疗事故技术鉴定为行政处理服务，医疗损害司法鉴定为法律服务。

2.启动的程序不同

医疗事故技术鉴定属于行政鉴定，卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定；医患双方协商解决医疗事故争议，需要进行医疗事故技术鉴定的，由双方当事人共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定；医疗损害司法鉴定属于司法鉴定，鉴定机构按照委托方（法院、卫生行政部门、医疗调解委员会、医患双方等）要求，对纠纷中的一些有关医学的专门性问题进行分析、判断，最后得出结论性意见的行为。

3.鉴定人员的组成不同

医疗事故技术鉴定是医学会工作人员组织的，由双方当事人从专家库中遴选医学专家参加医学鉴定，鉴定人员是医学专家，涉及死亡及伤残的要有法医专家参加。医疗损害司法鉴定一般是由司法鉴定机构的鉴定人员（一般是法医）主持鉴定，同时特邀或者聘请临床医学专家参加鉴定。

4.鉴定的组织者不同

医疗事故技术鉴定由医学会负责组织，医学会在整个医学鉴定过程扮演了组织者的角色。医疗损害司法鉴定的组织者是司法鉴定机构。

5.鉴定的内容不同

这是两种鉴定最根本的不同点，也是司法鉴定在诉讼中更多地为法官采信的原因：医疗损害司法鉴定在鉴定中着重解决医疗行为是否具有过错，过错的医疗行为与损害后果之间是否具有因果关系。医学会做出的鉴定意见仍然只注重是否属于医疗事故。

6.鉴定的监督机制不同

医疗损害司法鉴定的监督包括对鉴定人的一般监督和具体鉴定行为的监督。医学鉴定的监督有三个方面：一是医学会对鉴定专家资格审查的事前一般性监督；二是卫生行政机关对鉴定专家组出具的鉴定文书进行审查；三是上级医学会鉴定专家组织进行的再次鉴定。