《侵权责任法》第七章关于“医疗损害责任”的规定共计十一条，全面规定了新的医疗损害责任的救济规则，医疗事故这一概念在该法中未被使用和提及。由于《侵权责任法》是目前对医疗纠纷案件有专门规定的最高位阶的法律，且是最新制定的法律，因此《侵权责任法》实施以后的医疗损害纠纷案件应当适用该法，在民事赔偿中统一使用医疗损害责任这一概念。在司法实践中，法律适用“二元化”的混乱局面被《侵权责任法》所统一，但并没有结束我国医疗损害鉴定体制的二元化问题。同时，《侵权责任法》并没有规定医疗损害中应当赔偿的范围及具体赔偿标准，实践中医疗损害的赔偿范围和标准仍然适用2003年最高人民法院发布的《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》（以下简称《人身损害赔偿解释》）。这样适用的法理解释，一般认为《民法通则》是我国民法体系的总则，《侵权责任法》是分则，而《人身损害赔偿解释》是对《民法通则》的解释，是其构成部分。因此，当《侵权责任法》作为分则没有特别规定的情况下，适用总则即《民法通则》和《人身损害赔偿解释》的规定。

医疗行为是一种高度专业化的职业行为，医务人员都是经过职业化训练的人员。不少学者都将医疗侵权归入到专家责任的侵权类型之中，因为“专家主要指律师、公证人、医师、会计师、建筑师等。”在医疗侵权纠纷发生时，对于医疗过程中注意义务的判断、侵权行为的发生、过错的认定、因果关系的判断等，都需要由专门机构和专业人员进行认定和判断，因为当案件所涉及的科学知识高度专业化甚至是深奥难懂时，专家证人便将扮演重要角色，对此并无多少争议。所以，在医疗侵权纠纷中，第三方鉴定是有必要的，甚至往往是必不可少的程序。医疗侵权行为被《条例》区分为医疗事故和非医疗事故两类。对于前者，《条例》规定在发生纠纷之后，需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。对于非医疗事故的医疗侵权行为，当事人要求鉴定的，其方式为申请人民法院委托进行司法鉴定。司法鉴定按照《全国人大常委会关于司法鉴定管理问题的决定》和《人民法院对外委托司法鉴定管理规定》的要求来进行，其鉴定机构和鉴定人员的组成与医学会的鉴定都不尽相同。由此，对于医疗侵权行为便存在医学鉴定（医疗事故鉴定）和司法鉴定（医疗过错鉴定）的双轨制。而这两种鉴定方式在鉴定的启动、鉴定人员的组成、鉴定的方式、鉴定的内容、鉴定的监督等方面都不尽相同。从实践来看，医疗事故技术鉴定是认定医疗纠纷是否属于医疗事故的必经程序，也是卫生行政处理医疗事故必经的环节；但是从诉讼的角度来看，司法鉴定的结果更加符合法律对于案件审判的要求，其中立性也得到社会的更多认可。这些差异一直造成医疗侵权鉴定实践的混乱。一方面，当医疗机构希望尽量减少赔偿费用时，“无论其医疗过错行为是否构成医疗事故，均会极力主张医疗事故技术鉴定，并要求适用《条例》处理以追求最低限度的赔偿或不予赔偿”；另一方面，当医疗机构希望避免卫生行政部门的行政处罚时，又希望人民法院对纠纷采取司法鉴定的方式，以避免医疗事故的认定。而与此同时，医学会组织鉴定的专家以医疗行业专家为主体，其做出的鉴定意见对于患者而言公信力天然不足，患者往往不愿意接受医疗事故技术鉴定的意见而申请人民法院委托司法鉴定，以便要求按照《人身损害赔偿解释》确定的赔偿标准进行赔偿。