卫生行政部门对设置医疗机构申请，应当自受理之日起30日内，依据当地医疗机构设置规划进行审查，对符合医疗机构设置规划和原卫生部制定的医疗机构基本标准的，发给设置医疗机构批准证书；对不予批准的要以书面形式告知理由。

床位在100张以上的综合医院、中医医院、中西医结合医院、民族医医院以及专科医院、疗养院、康复医院、妇幼保健院、急救中心、临床检验中心和专科疾病防治机构的设置审批权限的划分，由省、自治区、直辖市卫生行政部门规定；其他医疗机构的设置，由县级卫生行政部门负责审批。

机关、企业和事业单位按照国家医疗机构基本标准设置的为内部职工服务的门诊部、诊所、卫生所（室），报所在地的县级卫生行政部门备案。

国家统一规划的医疗机构的设置，由国务院卫生行政部门决定。

根据《台湾服务提供者在大陆设立独资医院管理暂行办法》《香港和澳门服务提供者在内地设立独资医院管理暂行办法》规定，申请设置台资独资中医医院、港澳独资中医医院（含中西医结合医院和民族医医院）的，由地方中医药管理部门初审、审核，报国家中医药管理局审核后转报卫生部审批。申请人在获得卫生部设置许可后，还应当按照规定经商务部审批或者备案。

根据《中外合资、合作医疗机构管理暂行办法》规定，申请设置中外合资、合作医疗机构的，获卫生行政部门设置许可后，还应当按照有关规定报商务部审批。2011年卫生部发出通知，对中外合资、合作医疗机构审批权限进行了调整，将审批权由卫生部下调至省级卫生行政部门。

《医疗机构管理条例》及其实施细则规定，设置医疗机构申请有下列情形之一的，不予批准：①不符合当地《医疗机构设置规划》；②设置人不符合规定的条件；③不能提供满足投资总额的资信证明；④投资总额不能满足各项预算开支；⑤医疗机构选址不合理；⑥污水、污物、粪便处理不合理；⑦省、自治区、直辖市卫生行政部门规定的其他情形。