1951年1月，当时的政务院批准发布了我国第一个医疗机构管理方面的行政法规——《医院诊所管理暂行条例》。之后，国务院以及原卫生部又陆续制定了《县卫生院暂行组织通则》《县属区卫生所暂行组织通则》等。改革开放以后，国家实行多层次、多形式和多渠道办医的政策，允许私人和社会团体举办医疗机构，军队、企事业单位的医疗机构对社会开放等。为此，原卫生部制定了《全国城市街道卫生院工作条例》《综合医院组织编制原则》《全国医院工作条例》《医院工作制度》《医师、中医师个体开业暂行管理办法》《医院分级管理办法》等。

1994年2月，国务院发布了《医疗机构管理条例》。该条例是我国卫生立法史上一个重要的里程碑。原卫生部围绕该条例制定了一系列配套规章，如《医疗机构管理条例实施细则》《医疗机构设置规划指导原则》《医疗机构基本标准（试行）》《医疗机构诊疗科目名录》《医疗机构评审委员会章程》《医疗机构评审办法》等。

为了适应社会主义市场经济发展的新形势，卫生部等部委于2000年联合出台了《关于城镇医疗机构分类管理的实施意见》《中外合资、合作医疗机构管理暂行办法》《关于城镇非营利性医疗机构进行民办非企业单位登记有关问题的通知》等。

为加强和增进两岸间的经济合作，促进香港、澳门与内地建立更紧密的经贸关系，2010年，卫生部、商务部联合印发了《台湾服务提供者在大陆设立独资医院管理暂行办法》《香港和澳门服务提供者在内地设立独资医院管理暂行办法》。

为推进健康服务业发展，更好地满足人民群众医疗服务需求，根据《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》和《国务院关于促进健康服务业发展的若干意见》精神，2014年7月25日，国家卫生计生委和商务部联合发布《关于开展设立外资独资医院试点工作的通知》，决定在北京等7省（市）开展设立外资独资医院试点工作。

近几年，国家加大了医疗机构立法力度，国务院有关部门单独或者联合制定了一系列新的规定，如原卫生部制定的《医疗美容服务管理办法》《关于医疗机构冠名红十字（会）的规定》《医疗机构校验管理办法（试行）》《城市社区卫生服务机构管理办法（试行）》《妇幼保健机构管理办法》和《乡镇卫生院管理办法（试行）》等；原国家卫生计生委制定的《村卫生室管理办法（试行）》《医疗机构病历管理规定》《电子病历应用管理规范（试行）》《院前医疗急救管理办法》《医疗卫生机构开展临床研究项目管理办法》和《医疗质量管理办法》等。