中国的卫生检疫始于1873年。最早的卫生检疫机构隶属海关，设在上海和厦门，主要是海港检疫。新中国成立后，1950年和1951年先后发布了《交通检疫暂行办法》和《民用航空检疫暂行办法》。1957年经第一届全国人大常委会第八十八次会议通过，颁布了我国第一部卫生检疫法律《中华人民共和国国境卫生检疫条例》；1957年12月，国务院批准发布了《中华人民共和国国境卫生检疫条例实施规则》；1982年2月，经国务院批准，卫生部、交通部、民航总局和铁道部联合发布了《国境口岸卫生监督办法》，初步建立了我国国境卫生检疫法律制度。

为了防止传染病由国外传入或者由国内传出，实施国境卫生检疫，保护人体健康，1986年12月2日，第六届全国人大常委会第十八次会议通过了《中华人民共和国国境卫生检疫法》（简称《国境卫生检疫法》），自1987年5月1日起施行。2007年12月29日第十届全国人大常委会第三十一次会议、2009年8月27日第十一届全国人大会常委员会第十次会议、2018年4月27日第十三届全国人大常委会第二次会议对《国境卫生检疫法》进行了修正。

1989年3月6日，经国务院批准，卫生部发布了《中华人民共和国国境卫生检疫法实施细则》（简称《国境卫生检疫法实施细则》），自发布之日起施行。2010年4月24日、2016年2月6日国务院对《国境卫生检疫法实施细则》进行了修订。为了实施《国境卫生检疫法》，原卫生部、国家质量监督检验检疫总局先后发布了《国际航行船舶出入境检疫管理办法》《出入境集装箱检验检疫管理办法》《危险化学品安全管理条例》《出入境特殊物品卫生检疫管理规定》《国境口岸突发公共卫生事件出入境检验检疫应急处理规定》，使我国国境卫生检疫法律制度不断完善。