细菌感染allo- HSCT的常见并发症，在接受清髓性预处理的HSCT病例发生率高达60%～100%。其发生取决于多个因素，包括移植前的病史和基础疾病、预处理方案的强度和类型、抗细菌预防方案以及病人和病区的菌群分布等。

细菌感染可能发生于移植后任何时期，但主要发生于预处理后的骨髓抑制期，重度的粒细胞缺乏、体液免疫的缺陷、消化道黏膜损伤和中心静脉插管的应用等是移植后细菌感染的危险因素。移植后早期，病人处于重度的骨髓抑制，口腔及肠道菌群易位和中心静脉插管是感染的主要来源，以G⁺球菌为主；最常见的感染类型依次为不明原因发热、G⁺球菌或G^-杆菌败血症和静脉插管感染。GVHD特别是肠道GVHD造成的黏膜溃疡是晚期感染的主要来源，以G^-杆菌为主，主要的感染类型为支气管肺炎、败血症和耳鼻喉的感染。

无菌层流设施、无菌饮食和口服不吸收抗生素在预防细菌感染中的作用已不存在疑问。采用无菌层流技术以及清洁洗手等措施可以明显降低移植相关死亡率，改善总体生存率。荟萃分析表明，口服喹诺酮类抗生素可以明显降低总体感染率和G^-杆菌感染率，但是不能降低感染相关死亡率。部分研究表明，预防性的全身用药虽然可以降低败血症的发生率，但同样不能降低感染相关死亡率。同时，由于预防用药引起的细菌耐药也是值得注意的问题。

当造血干细胞移植（hematopoietic stem cell transplantation，HSCT）病例发生不明原因发热，在体温达到一定水平（如38℃～38. 5℃）时即应开始抗感染处理，包括：体格检查、血培养、咽拭子培养、中心静脉插管口的培养、中段尿培养、胸片等检查，而在留取培养标本后即应开始静脉抗感染治疗。经验性治疗可采用广谱抗生素或抗生素组合，如单用碳青霉烯类或β-内酰胺类联合氨基糖苷类。一般在开始广谱抗感染治疗48～72小时即可取得发热的缓解，在广谱抗生素治疗48小时无效时即应给予抗球菌治疗，如应用万古霉素，而治疗72小时发热不缓解即应考虑开始抗真菌治疗。在明确细菌感染的病原体后，即应根据培养结果和药物敏感性实验调整抗生素。正规抗感染治疗后仍发热持续，应该考虑以下原因：鼻窦等隐匿部位的细菌感染、真菌败血症（如肝脾等部位的念珠菌感染）、药物热或病毒血症。

随着诊断和治疗手段的不断改善，HSCT后细菌感染的预后已经明显改善，但是细菌感染仍然是移植相关死亡的重要原因之一，仍然位居移植后感染相关死亡的首位。不合理应用抗生素，特别是预防性应用，导致的细菌耐药是抗感染治疗所面临的一个重大的挑战。