先天性及遗传代谢性疾病种类多、病因复杂。许多疾病累及免疫系统。

1. 21‐三体综合征

婴儿期IgG水平低下，儿童期IgM降低表现最为突出，抗体应答低下。尽管外周血NK细胞增加，但表达CD3和CD8而非CD16，其功能缺陷。吞噬细胞趋化作用、吞噬功能和杀菌作用均降低。

皮质胸腺细胞减少、皮髓质分界不清及胸腺小体增大。外周血CD₄^＋／CD₈^＋率降低，表达γδTCR的T细胞增加。淋巴细胞增殖反应正常或减低。迟发型过敏反应正常或降低。

2.ICF综合征

因伴有免疫缺陷（immunod‐eficiency）、着丝粒不稳定（centromericinstability）以及面容异常（facialanomalies）而称为ICF综合征，是常染色体隐性遗传病。此病是由于1和6号染色体异染色质结构异常所致，偶有9号染色体异常。病儿1岁内即有反复呼吸道感染，因严重感染死亡。血清Ig降低或缺乏，B细胞数一般正常；T细胞数降低或正常。NK细胞活性降低。ICF综合征的面部异常表现为：内眦赘皮、眼距增宽、塌鼻梁及巨舌症。

3.其他染色体异常

其他合并有染色体异常和免疫缺陷的疾病包括22q11丢失的胸腺发育不全（DiGeorge综合征）、10p缺失伴有先天性心脏病、甲状旁腺功能低下和T细胞调节功能失衡。Xp11‐p22缺失产生体液和细胞免疫缺陷。5p缺失伴有心血管缺陷、短前臂、并指及胸腺发育不全。18号染色体异常伴有免疫球蛋白缺陷。环状18号染色体可有IgA缺陷或IgM副蛋白血症。18‐三体时，吞噬细胞功能受到损害。

约一半的Turner综合征有IgG和IgM下降。虽T、B细胞数量一般正常，但也可存在联合免疫缺陷。

4.染色体不稳定综合征

许多有染色体断裂倾向的综合征病人都易患恶性肿瘤和免疫缺陷。这些病人对电离辐射敏感，并易发生染色体畸变。共济失调毛细血管扩张症是典型的代表。Blooms综合征的血清IgG、NK细胞活性和淋巴细胞增殖反应均降低。方可尼贫血病人可存在选择性IgA缺陷和T细胞功能损害。

Nijmegen断裂综合征，表现为小头畸形、智力发育障碍、牛奶咖啡斑。免疫缺陷包括严重的低IgG血症，抗体应答缺陷和T细胞增殖反应受损。Nijmegen断裂综合征可与不典型的Seemanovas综合征混淆。

1. 1b型糖原累积症（GSD）

大多数1b型GSD病人患有中到重度感染。最常见的感染是反复中耳炎、肺炎、皮肤感染和口腔和肛门黏膜溃疡。细菌感染多见，常见为金黄色葡萄球菌、A族链球菌和大肠杆菌。多数患儿骨髓形态学异常，骨髓增生障碍和成熟障碍。几乎所有病人都有中性粒细胞减少，中性粒细胞的趋化功能也降低。中性粒细胞和单核细胞的呼吸爆发活性低下。

2.糖蛋白累积病

糖蛋白代谢的遗传性障碍包括糖蛋白的多种寡糖链代谢障碍。这类疾病属于溶酶体累积病。此病少见，表现为反复感染。

甘露糖苷症是由于缺乏酸性‐α‐D甘露糖苷酶所致。临床表现为精神运动发育迟缓、面部皮肤粗燥并伴有反复呼吸道和耳部感染。白细胞趋化和吞噬能力降低。T细胞增殖反应降低。

天门冬糖胺尿是隐性遗传性溶酶体病。早期表现为反复呼吸道和耳部感染，常在6岁后好转，也有持续到成年者。成年病人表现为精神运动障碍。

岩藻糖苷病是由于α‐岩藻糖苷酶缺陷所致的一种糖蛋白累积症。易发反复呼吸道感染。

半乳糖血症是由于半乳糖‐1‐磷酸尿苷转移酶缺陷所致。新生儿时期常可因大肠杆菌败血症而死亡。患儿中性粒细胞功能降低。对有黄疸的新生儿应注意半乳糖血症的检测。新生儿筛查可于感染之前明确诊断，以便预防性使用抗生素。

先天性肌强直是一种常染色体显性遗传进行性肌肉病损。临床表现为虚弱、消瘦、肌强直，尤以面部、颈部和肢端明显。因IgG半衰期缩短（11.4天），血清IgG水平降低。

先天性无脾症常伴有先天性心脏病，为常染色体显性遗传和隐性遗传，死亡率极高，达85%。生后一月内多死于先天性心脏病，而一月后多死于严重感染。小于6个月的患儿多为革兰阴性细菌感染；较大患儿则易感染嗜血杆菌和肺炎球菌。患儿吞噬细胞功能低下，T细胞增殖功能下降，CD4／CD8比值降低。

骨骼的异常见于原发和继发免疫缺陷。如高IgE综合征可有骨质疏松，ADA缺陷有多肋骨畸形，Omenn综合征和ADA缺陷还可见短肢侏儒。

此外，身材矮小、肾脏功能损害和细胞免疫缺陷的发育不良性疾病，表现为3岁后发生反复感染和间断的淋巴细胞减少。外周血CD₄^＋CD₈^＋细胞（双阳性细胞）增加。