口腔黏膜可发生各种良性肿瘤，包括血管瘤、化脓性肉芽肿、淋巴管瘤、纤维瘤、瘢痕疙瘩及脂肪瘤等。恶性肿瘤如鳞状细胞癌、肉瘤、卡波西肉瘤及恶性黑素瘤等也可发生。较常见的黏膜白斑可以癌变。而常见于皮肤的丝状疣、指状疣及色素痣等罕见于口腔黏膜。

表皮囊肿可以发生于唇部，皮样囊肿发生于舌下，腺瘤主要发生于上颚。龈瘤(epulis)是良性巨细胞瘤，是豆粒到核桃大的圆形肿瘤，多半发生于唇部及颊部。

多形性腺瘤(mixed tumor)是颚下腺及腮腺的良性肿瘤，也常发生于上颚部位。在软颚或硬颚上，有个豆大的丘疹或是较大的肿瘤，表面是光滑或起皱的正常黏膜。在病理组织内，有成条的、成泡状的或弥漫成群的上皮组织，也可有软骨、黏液及结缔组织。

黏液囊肿(mucous cyst)常见于下唇及舌部下方，是黏液腺的潴留性囊肿。损害是柔软的圆形隆起，由豆粒到鸡蛋大，逐渐发展，不引起疼痛，用手触摸时有波动，表面的黏膜正常或带苍白色，囊肿内有黏滞的草黄色液体，所以黏液囊肿又称黏液潴留囊肿(mucous retention cyst)。

黏液肉芽肿(mucous granuloma)是另一种韧性囊肿，由外伤引起，通常发生于舌尖或下唇内侧。

有裂肉芽肿(granuloma fissuratum)发生于唇釉沟内，是一个坚实的盘状纤维肉芽肿，略微隆起并呈淡白色，表面光滑，直径约10mm，在唇和牙之间的沟槽处折裂，折裂久即唇釉沟的沟底，自觉症状轻微。本病通常是不合适义齿的慢性刺激所引起的纤维增生性炎症，也可能是发生于唇釉沟而有裂口的化脓性肉芽肿。

灶性上皮增生(focal epithelial hyperplasia)又称黑克病(Heck’s disease)，口腔黏膜有散布或成群淡白色丘疹或柔软结节，直径约1～5mm，多半发生于幼少年的下唇黏膜，以后也可出现于上唇及颊部等处黏膜而不易见于牙龈、舌部或舌腭，本病病因不明，有人认为病毒所致。患者可有家族史而像常染色体隐性基因遗传。组织变化是不规则的灶性上皮增生，圆而钝的表皮突往往互相融合，棘细胞可轻度水肿。

其他口腔黏膜肿瘤包括颊黏膜的腮腺管囊肿，上颚的黏液腺瘤和口底部尤其舌部下面的表皮样囊肿等。