属深部真菌感染，因此凡能引起深部组织感染的真菌，均可以是本病的致病菌，如隐球菌、曲霉菌、球孢子菌、类球孢子菌、诺卡菌、放线菌、荚膜组织胞浆菌、芽生菌、分子孢子菌、念珠菌、波伊德霉样真菌、藻菌等，但以隐球菌和曲霉菌、放线菌多见。近年来，由于抗生素、激素和免疫抑制剂在临床上广泛应用，器官组织移植手术推广，以及医务人员对真菌病认识的提高，真菌感染的发生率有增加趋势。在自然界中真菌分布很广泛，很多真菌是条件致病菌，寄生在人体中，当人体抵抗力降低时它们乘虚而入，可侵犯肺、脑膜和脑、脊髓、皮肤、淋巴结、肠、肝、脾、肾上腺等脏器等。真菌入侵脑的方式，常先从呼吸道吸入，形成肺部病灶，再由肺经血行播散于全身器官和入颅。少数真菌（如曲霉菌、放线菌和芽生菌）可经头面部的口腔、鼻腔、鼻窦、眼眶、脊椎骨等处的病灶直接侵入中枢神经系统，个别病例可经腰穿、手术植入而发生脑部真菌感染。患有单核-吞噬细胞系统恶性肿瘤、糖尿病等患者较易发生本病。

感染使脑膜局限性或广泛性形成不规则的肉芽肿，淋巴细胞、浆细胞或多核巨细胞浸润。脑呈不同程度的水肿，真菌沿血管周围和软脑膜下聚集，形成多数小囊样病灶，呈急性或慢性化脓性炎症反应，甚至形成脑脓肿或肉芽肿，多位于脑实质内，偶见脑室内。在脓肿和肉芽肿中可见大量真菌体或菌丝。不同种类的真菌感染，引起的病理变化也不相同：白色念珠球菌常引起小灶性化脓和肉芽肿；隐球菌早期形成胶冻样病变，无纤维包裹，晚期则形成肉芽肿；放线菌主要形成多发性脓肿和肉芽肿，脓肿壁呈黄色，脓液含“硫黄颗粒”。

以手术切除肉芽肿或脓肿为主，术后辅以药物治疗。

1.两性霉素B 对隐球菌、球孢子菌、念珠菌等效果较好。剂量从0.25mg/kg开始，溶于5%葡萄糖溶液中静脉点滴，逐渐增至1mg/kg，使3个月内总剂量达2~4g。滴注速度应缓慢、避光。由于本药不易透过血-脑屏障，故常同时鞘内给药。方法：取两性霉素B 0.25mg溶于等渗盐水1ml内，然后用5~10ml脑脊液再稀释后缓慢、分次注入鞘内。一般鞘内给药1次最大剂量为1mg，每周注射2次。应用本药前给予地塞米松和异丙嗪等，可减轻药物反应。

2.制霉菌素 对隐球菌、念珠菌等效果较好。剂量：成人200万~400万U/d，儿童每次12.5万~25万U，分2~4次口服。

3.克霉唑 对念珠菌、球孢子菌等有效。剂量：成人每天50~60mg/kg，儿童每天20~60mg/kg，分3次口服。

4.曲古霉素 对隐球菌、芽生菌，念珠菌有效。剂量：20万~40万U/d，分3~4次口服。

5.5-氟胞苷作用同两性霉素B，但它能通过血-脑屏障，对肝、肾均有损害。剂量：每天100~200mg/kg，一般应用6~8周。

6.抗生素 大剂量青霉素、林可霉素、氯霉素对放线菌感染有效。

7.酮康唑（ketoconazole）对球孢子菌、组织胞质菌有效。剂量：200~1200mg/d。

上述药物应用的期限视病情而定，并应根据脑脊液常规、生化、涂片检查和培养结果决定是否停药。用药期间要注意药物的不良反应，并调整全身情况，增强机体抵抗力，消除引起真菌感染的原因，这样才易于提高治疗效果。