由于子宫的发育异常和初潮前的子宫内膜病理性破坏导致的闭经，称为原发性子宫性闭经。

（1）米勒管发育不全

①先天性无子宫：子宫是米勒管中段及下段发育形成的。若米勒管未发育或在其发育早期停止，可形成先天性无子宫（congenital absence of uterus）。常合并无阴道。国外文献报道该病发病率为1/ 4000～1/5000。该病患者卵巢发育正常，第二性征表现正常，临床表现为原发性闭经，肛腹诊扪不到子宫，B超、CT及MRI亦不能探及子宫的存在。②始基子宫：两侧米勒管早期发育正常，因受胚胎外环境的影响，进入中期会合后不久即停止发育，留下一个由纤维和肌肉组织形成的细窄条索状结构，多无管腔，称为始基子宫（primordial uterus），又称痕迹子宫。常合并先天性无阴道。患者表现为原发性闭经，肛诊及B超等影像学检查可发现一小子宫，仅2～3cm长，腹腔镜检或剖腹手术时可见一扁平实心，约0. 5～1cm厚的子宫痕迹。③米勒管发育不全综合征：早期的米勒管发育正常，进入中期后停止发育或发育不同步而形成米勒管发育不全综合征（Müllerian agenesis syndrome）。Mayer于1829年首次报道，后来Rokitansky等对本征进行了深入研究，故又称为Mayer- Rokitansky- Kuster- Hauser（MRKH）综合征。本征发病率很低，约1/4000～1/10 000，约占妇科住院患者的0. 05‰。该征患者卵巢发育及功能均正常，因此第二性征发育正常。通常在青春期才被发现，表现为原发性闭经，生殖道的缺陷包括先天性无阴道，子宫可正常，也可为各种发育畸形，包括双角子宫、单角子宫、始基子宫、残角子宫、双子宫等，罕为先天性无子宫。若为双子宫、双角或单角子宫、残角子宫，则不引起闭经。常合并其他中胚层的器官发育缺陷，约34%的患者合并泌尿道畸形，12%有骨骼畸形，7%有腹股沟疝，4%存在先天性心脏病。本症表现与完全型睾丸女性化综合征临床表现有相似之处，如阴道呈盲端、无子宫、乳房呈女性化发育等，但二者的染色体核型不一致，米勒管发育不全综合征为46，XX，而睾丸女性综合征为46，XY，通过染色体分析可鉴别。

（2）雄激素不敏感综合征

雄激素不敏感综合征是一类主要与雄激素受体基因突变密切相关的X-连锁隐性遗传病，是男性假两性畸形中常见的类型。患者的染色体核型为46，XY，其发病的关键在于与男性化有关的雄激素靶器官受体缺陷，导致靶组织对雄激素不敏感，从而使雄激素的正常生物学效应全部或部分丧失。发病率为出生男孩的（16～50）/10万。受体的缺陷程度不同使临床表现差异很大，包括完全性雄激素不敏感综合征和部分性雄激素不敏感综合征。①完全性雄激素不敏感症，由于雄激素受体基因异常，导致胚胎组织对雄激素不敏感，Wolff管及泌尿生殖窦分化为男性生殖管道受阻，但由于胚胎时期睾丸发育正常，stertoli细胞分泌米勒管抑制因子（MIF）促米勒管退化，故患者表现为男性内生殖器和女性外生殖器，出生时多表现为正常女婴，常伴有单侧或双侧腹股沟疝，仔细检查疝囊可发现睾丸，多无子宫和输卵管。患者青春期有第二性征发育，乳房发育同正常人，但体毛稀少甚至缺如，均表现出闭经。②部分性雄激素不敏感综合征，表现型可从类似于女性外生殖器到正常男性表型仅伴不育症或男性乳房发育。不敏感程度严重者可表现出女性外生殖器和青春期闭经。

（3）初潮前子宫内膜破坏

子宫内膜的后天性破坏可以发生于初潮前，由此导致的闭经亦属于原发性子宫性闭经，常见的原因是结核。幼年感染结核杆菌后，通过血液和淋巴系统扩散至盆腔造成盆腔结核。多发于输卵管，随后侵及子宫内膜造成破坏。青春期前常无症状不易发觉，至青春期因无月经就诊时发现结核造成的内膜破坏常已经到达晚期。